Category Archives: Bilim

Ona Annenden Bahset — Casey Schwartz

Casey Schwartz — 24 Haziran 2015 — nytimes.com

28analysis1-articleLarge-v2

Beyin taraması Freudcu psikanalizi kurtarmaya yardım edebilir mi?

1900 yılında Sigmund Freud, Viyanalı nöral bozukluklar uzmanı, zengin bir tanıdığının 18 yaşındaki kızıyla tedaviye başladı. 44 yaşındaki Freud, “konuşarak iyileşme” [talking cure] diye adını duyuracak psikanaliz pratiğine daha yeni başlamaktaydı. Freud’un sonradan “Dora” adını verdiği bu kız, açıklanamayan bir belirtiler öbeği taşıyordu: Keyifsizdi, bilincini yitirmeye meyilliydi ve bazen haftalarca en fazla fısıldayarak konuşabiliyordu. Freud ona histeri teşhisi koydu, bu terim fin de siècle Avrupa’sında psikolojik stresi fiziki belirtilerle dışavuran bir bozukluğu adlandırır. Dora’nın durumunun izini süren Freud, babasının cinsel şımarıklıklarına [infidelities] ulaştı, Dora ergenliği boyunca bu işlerin ayarlanmasına [orchestrate] yardım etme mecburiyeti duymuştu. Dora analiz sırasında Freud’a, babasının arkadaşının — Herr K., ondan onlarca yaş büyük evli bir adam — boş ofis binasında ona yavşadığını [accost], dudaklarını öpmeye kalktığını söylediği zaman, biyoloji eğitimiyle kendi bilimsel işlerine dalmış Freud, bu rahatsızlığına dair onunla empati kuramadı. Dora bir gün, daha 11 hafta tedavi görmüşken ve henüz hiç iyileşmemişken, görüşme biterken ayağa kalktı, Freud’a mutlu yıllar diledi ve bir daha geri dönmedi.

Okumaya devam et →

1 Yorum

Filed under Çeviri, Bilim, Görüşme

MRI yazılım böcekleri yılların araştırmasını boşa çıkarabilir — Richard Chirgwin

Richard Chirgwin — 3 Temmuz 2016 — theregister.co.uk

proxy

Kusurlu veri altında beyniniz işte buna benzer

Nihayet birinin gelip verileri teyit etmesiyle MRI temelli “beyniniz işte buna benzer” bilim yığınının hepsi geçersiz kılındı.

Problem basit: Beynin yüksek çözünürlüklü manyetik titreşim görüntü taramasından bilimsel bir sonuca ulaşabilmek için, beyin küçük “voxel”lere bölünür. Sonra bu voxelleri tarayan yazılım (insan değil) öbekler bulmaya çalışır.

“Bilimciler kolunuzu hareket ettirmek üzere olduğunuzu anlayabilir: İşte görüntüler de bunu kanıtlıyor” diye bir iddia gördüğünüzde, bunu diyenler de istatistiksel yazılımdan aldıkları bilgileri yorumlarlar.

Şimdiyse, İsveç ve İngiltere’den bilimciler [boffin] bu bilimin niteliğine kuşku düşürdüler, çünkü istatistiksel yazılım problemli: Çok fazla fol pozitif [false positive] üretiyor.

PNAS’taki makalede şöyle yazdılar: “fMRI analizindeki en yaygın yazılım paketleri (SPM, FSL, AFNI) %70’e varan fol pozitif oranlarıyla sonuçlanabilir. Bu sonuç 40,000 civarında fMRI çalışmasının geçerliliğini sorgulanır kılar ve nörogörüntü sonuçlarının yorumlanmasında büyük tesir yaratabilir.”

Mesela 3dClustSim denen pakette 15 yıl durmuş ve Mayıs 2015’te tamir edilmiş bir böcek, kusurlu sonuçlar üretmiş (3dClustSim AFNI takımının parçası; diğer parçalar SPM ve FSL).

Bazı sonuçların abartılı olabileceğine dair nazikçe bir uyarı değil bu: Daha çok, binlerce bilimsel makaleyi toplayıp yakmaya benziyor.

Dahası: “Sonuçlarımıza göre geçersiz öbek çıkarımlarında öne çıkan başlıca sebep, varsayılan Gaussian şekli takip etmeyen uzamsal kendine-ilintileme işlevleridir.”

Yayınlanmış fMRI sonuçlarından yararlanan araştırmacılar, disiplindeki çoğu çalışmanın yeniden analizine engel olan “acınası arşiv ve veri paylaşım pratikleri” nedeniyle fMRI topluluğuna da geçerken fırça atıyor. ®

6 Yorum

Filed under Çeviri, Bilim

Özgür dünyada özgürlük: Uzakın hukuka dönüşür — Maria Aristodemou

Özet

Makalem Robert Burt’un yazısından yola çıkarak Lacancı hukuk analizinin Robert Burt’ün (haklı olarak) reddettiği şeyden ve Burt’ün geliştirdiği alternatif psikoterapötik senaryodan nasıl farklılaştığını vurgulamaktadır. Lacancı analizde yeni karakteristikler dediğim şeylere odaklanmaktayım, özellikle de insan öznesinin dille iğdiş oluşundaki ısrarına, ki bu iğdiş “özgürlük” ve “özgür konuşma” anlayışımızı, dolayısıyla Hukuk’un kendi iğdiş oluşunu sorun eder. Özne adına Ben [Ego] psikologlarınca yapılan iddiaları birer birer soymamız, Lacancı analizin idealde açığa çıkardığı şeye, yani öznenin uzakın nüvesine ulaşmamızı sağlar. Bunu Öldürme Edimi [The Act of Killing] filmiyle örneklemekteyim, bu belgesel öznenin kalbindeki uzakın nüveyi göstermekle kalmaz, bizzat Hukuk olan uzakınlığı da gösterir. Hukuk ve psikanaliz arasındaki karşılaşma, vardığım sonuca göre, müşterek anlayışa götürmenin çok ötesinde, analizanın mazeretlerinin çözdürülmesine götürür, ve böylece, psikanalizin sahneden tamamen çekilmesine götürür.

Anahtar sözcükler

Hukuk; Psikanaliz; Lacan; Freud; İğdiş; Dil; Uzakın

Dümdüz Kaynak Yerlendiricisi

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0160252716301455

(İngilizce özet)

3 Yorum

Filed under Çeviri, Bilim, Makale

NIH görme bilimcileri retinamızdaki çubukların kaynaklanmasına dair kuramı test ediyor

NIH — 20 Haziran 2016 — scienmag.com

118055_web-1

En erken omurgalı atalarımızın retinalarında koni gibi fotoreseptörler vardı, ve muhtemelen bunlar gün ışığında görmelerini sağlıyordu, fakat geceleyin görme yetenekleri çok azdı. Sonra, milyonlarca yıl önce, Mesozoik çağda, ve nispeten kısa bir süre içinde, retinasında baskın olarak çubuk fotoreseptörler taşıyan memeliler ortaya çıktı, böylece geceleyin görebiliyorlardı, bu belki onları avlayan dinozorlar uyuklarken avlanıp beslenmelerini sağlıyordu. Ulusal Göz Enstitüsü araştırmacılarının yürüttükleri yeni çalışma, çubuk fotoreseptörlerin türemesiyle gececil memelilerin nasıl ortaya çıktığını anlatıyor.

Okumaya devam et →

2 Yorum

Filed under Çeviri, Bilim

Küçük Yıldıztaşı Dünya’nın Sürekli Yoldaşı — NASA

NASA — 15 Haziran 2016 — jpl.nasa.gov

asteroid20160615

Yıldıztaşı 2016 HO3 Güneş etrafındaki yörüngesiyle Dünya’ya sürekli yoldaşlık ediyor. Kredi: NASA/JPL-Caltech

Güneş etrafındaki yörüngesinde keşfedilen küçük yıldıztaşı Dünya’ya sürekli yoldaşlık ediyor ve önümüzdeki yüzyıllar boyunca da böyle olacak.

Okumaya devam et →

10 Yorum

Filed under Çeviri, Bilim

Britanya Sahilinin Boyu Ne Kadar? — Benoit Mandelbrot

İstatistiksel Kendine-benzerlik ve Fraksiyonlu Boyut

Özet. Jeografik eğriler kendi detaylarına öyle katlanmıştırlar ki uzunlukları sıklıkla sonsuzdur, ya da tanımlanamazdır. Fakat birçoğunun istatistiği “kendine-benzerdir,” yani her bir kısım, bütünün ölçeği-indirgenmiş bir imgesi gibi değerlendirilebilir. Bu durumda karmaşıklık derecesi D diye bir nicelikle tarif edilebilir, bu nicelik, “boyut”ta olabilecek birçok özelliğe sahiptir, gerçi fraksiyonludur; yani sıradan, düzeltilebilir eğrilerle ilişkilendirilen 1 değerini aşar.

Okumaya devam et →

6 Yorum

Filed under Çeviri, Bilim

Çok Boyutlu Cisimlerin İzdüşümlerinin Ve Arakesitlerinin Alınması

(TÜBİTAK Proje yarışmasında ikincilik aldı)

elem1

Eser Aygün, Işık Barış Fidaner
İzmir Fen Lisesi 2000-2001

Giriş:
Bilimde önem kazanan çok boyut kavramı, üç boyutlu beyinlerimiz için anlaşılırlıktan uzaktır. Çok boyutlu cisimleri ve arakesitlerini görselleştirmek, bu kavramı anlaşılır kılmak için önemli bir adım olacaktır.

Amaç:
Bu projenin amacı, Delphi programlama dilinde;

  • Basit geometrik cisimlerden, hiperküp gibi çok boyutlu cisimler türeten
  • Bu cisimleri bilgisayar ekranında görüntüleyen
  • Yine bu cisimlerin, alt uzaylarıyla arakesitlerini alan bir bilgisayar programı yazmaktır.

Yöntem:
Öncelikle üç boyutlu uzay analitiğini çok boyut için genelleştirdik. Cisimleri; köşe, kenar, yüzey gibi elemanları arasındaki ilişkilere dayanan bir veri yapısında tuttuk. Geliştirdiğimiz yöntemlerle, cisimlerin arakesitlerini ve izdüşümlerini aldık. İzdüşümleri Bresenham çizgi çizme algoritmasıyla çizdik.

Sonuç:
elemanlar.exe programı, her boyuttaki küp, simplex, silindir, küre, koni ve toroid cisimlerini üretebilmektedir. Ayrıca; döndürme, öteleme, izdüşüm alma, arakesit alma, görüntüleme, dosyaya yazma ve dosyadan okuma işlemlerini gerçekleştirebilmektedir.

elemanlar

PDF

 Açıklayıcı GIFler

Windows Programı

6 Yorum

Filed under Bilim

Nüremberg Kodu

  1. İnsan süjenin gönüllü rızası kesinlikle elzemdir.
     
    Demek ki dahil edilen kişi rıza verecek yasal yetkinliğe sahip olmalıdır; tercih gücünü özgürce, herhangi bir kuvvet, hile, aldatma, zorlama, dolandırma öğesinin müdahalesi olmaksızın, kısıtlayıcı veya mecbur edici başka hiçbir gizli biçimin müdahalesi olmaksızın ifa edebileceği bir konumda olmalıdır; ve konuyu oluşturan öğelere dair sahip olduğu bilgisi ve kavrayışı yeterli olmalıdır, bir anlayış geliştirerek aydınlanmış bir karar verebilmesini sağlamalıdır. Bu ikinci öğe, olumlu kararının kabul edilmesinden önce deney süjesine şunların bilinir kılınmasını gerektirir: Deneyin doğası, süresi ve maksadı; nasıl icra edileceği, yöntem ve araçları; beklenmesi makul olacak tüm zorluk ve tehlikeler; bu deneye katılmasının sağlığı ve bedeni üzerinde sebep olabileceği etkiler.
     
    Bu rızanın niteliğini tespit etme görev ve sorumluluğu, deneyi başlatan, yöneten ve yürüten her bir bireyin üzerindedir. Bu kişisel görev ve sorumluluk başka birilerine fütursuzca havale edilemez.
     
  2. Deney, sosyetenin toplumun iyiliği için verimli sonuçlara, başka çalışma yöntem ve araçlarıyla temin edilemeyecek sonuçlara ulaşacak bir deney olmalıdır, doğası itibariyle rastgele ya da gereksiz bir deney olmamalıdır.
     
  3. Deney, hayvan deneylerine dayanarak, hastalık ya da çalışılan problemin doğal tarihine dair bilgiye dayanarak öyle tasarlanmalıdır ki, öngörülen sonuçlar elde edildiğinde deneyin uygulanmasına gerekçe sağlanmış olmalıdır.
     
  4. Deneyin icrasında gereksiz fiziki ve mental acıdan ve yaralanmadan tamamen kaçınılmalıdır.
     
  5. Ölüm ya da sakatlayıcı yaralanma olacağına inanmak için önsel bir nedenin bulunduğu hiçbir deney icra edilmemelidir; deneysel hekimlerin de süje hizmeti gördüğü kimi deneyler belki bundan hariç tutulabilir.
     
  6. Alınacak riskin derecesi, deneyin çözeceği problemin insani önemiyle belirlenen dereceyi asla aşmamalıdır.
     
  7. Deneysel süjenin yaralanma, sakatlık ya da ölüme yönelik uzak imkanlardan bile korunması için uygun hazırlıklar yapılmalıdır ve elverişli vasıtalar sağlanmalıdır.
     
  8. Deneyi yalnızca bilimsel niteliklere sahip kişiler icra etmelidir. Deneyi icra eden ve yürüten kişilerden deneyin tüm aşamaları boyunca azami derecede yetenek ve özen gereksinilmelidir.
     
  9. Deney akışı boyunca, insan süje, deneyin sürdürülmesinin ona imkansız görüneceği fiziki ya da mental bir duruma ulaşırsa, deneye son verme özgürlüğüne sahip olmalıdır.
     
  10. Deney akışı boyunca, görevli bilimci, ondan gereksinilen iyi niyet, üstün yetenek ve özenli muhakemeye uyarak deneyi sürdürmesinin deney süjesinin yaralanma, sakatlık ya da ölümüne yol açabileceğine inandırabilecek sebepler görürse, herhangi bir aşamada deneyi sonlandırmaya hazır olmalıdır.
     

“Nüremberg Askeri Mahkemelerinden önce 10 No’lu Kontrol Konsey Yasası altında Savaş Suçlularının Yargılanması”, ss. 181-182. Washington, D.C.: U.S. Government Printing Office, 1949.

Kaynak: archive.org’un arşivlediği HHS.gov arşivi

Nüremberg Mahkemeleri (1945-1946) @ Wikipedia & YouTube

İngilizcesi.

Türkçesi: Işık Barış Fidaner

1 Yorum

Filed under Çeviri, Bilim

Öbekleme Problemine Bayesci Bir Yaklaşım Ve Gen İfadesi Analizinde Uygulanması

Işık Barış Fidaner, PhD Tezi

Bu tezde gen ifadesi zaman serisi verisinden bilgi çıkarılması için yöntemler araştırılmıştır. Bu zaman serileri altta yatan biyolojik mekanizmalara dair dolaylı ölçümler sağlar, bu yüzden analizlerde istatistiksel modelleme tekniklerine yoğunca başvurulur. Özellikle popüler bir analiz yaklaşımı, ifade profili benzerliklerine göre genleri öbeklemektir. Fakat bilimsel veri analizi açısından öbekleme güçlü bir metodoloji gerektirir ve Bayesci nonparametri bu konuda gelecek vaat eden bir çerçeve sağlar.

Bu bağlamda, iki yeni Bayesci nonparametrik model geliştirildi: Standart sonsuz karışım modelini genişleten Sonsuz Çokyönlü Karışım (IMM); ve karışım bileşenlerinde gen ifadesi zaman serilerine uyarlanmış özgül bir yapıyı varsayım alan Parçalı Doğrusal Dizilerin Sonsuz Karışımı (IMPLS). Bayesci paradigmada gen analizi için anahtar nesne, model ve gözlemler verildiğinde, bölüntüler üzerindeki sonsal dağılımdır. Fakat, bölüntüler üzerinde bir sonsal dağılım oldukça karmaşık bir nesnedir. Burada Markov zinciri Monte Carlo çıkarımı uygulayarak gen bölüntülerinin sonsal dağılımından bir örneklem elde ediyoruz, ve geliştirdiğimiz sezgisel iki-aşamalı öbekleme yaklaşımı ile sonsal örneklemi işliyoruz. Bölüntüler üzerindeki dağılımların analizi için entropi toplaşması (EA) adını verdiğimiz alternatif, yeni bir yaklaşım da geliştirildi. EA’nın bölüntülerden ve daha genelde özellik atamalarından oluşan örneklemlerin yorumlanmasında kullanışlı olduğu gösterildi.

Öbekleme metodolojisinin değerlendirilmesinde iki farklı sahada ayrı deneyler gerçekleştirilmiştir. Birincisinde, edebi bir metnin (James Joyce’un Ulysses’i) paragrafları EA ile analiz edilerek sözcükleri arasındaki bağlamsal ilişkiler ortaya çıkarılmıştır. İkinci olarak, biyoenformatik uygulamasında, sonuçta çıkan öbeklerin amaca uygunluğunu değerlendirmek için standart çoklu hipotez testi uygulanmış, bir gen ontolojisine ait terimlerle kodlanmış önceki biyolojik bilgilerle karşılaştırılmıştır. Geliştirilen metodolojinin entegre edildiği eksiksiz süreç akışı CLUSTERnGO (CnG) dört fazdan oluşur (Yapılandırma, Çıkarım, Öbekleme, Değerlendirme). CnG’nin işlem hattının tamamı bir yazılım paketi olarak geliştirilmiş ve GNU Genel Kamusal Lisansı altında yayınlanmıştır.

(ingilizce özet — özet istatistikleri — izdüşüm entropisi)

3 Yorum

Filed under Bilim

Öbür Acil Durum: İklimde Acil Durum — Bruno Latour

Bruno Latour, 20 Kasım 2015

Teröristlerin eylemine dair cesaret kırıcı bir şey de, güdülerine yönelik tartışmayı hareketlerindeki kadar mantıksız bir seviyeye çekmeye eğilimli olunmasıdır. Her saldırıyla birlikte büyük savaş dramını yeniden sahneliyoruz: tehlike altındaki ulus ve barbarlığa karşı donanır gözüken koruyucu-devlet oyunu. Bu şüphesiz ki gerçek fakat korkunç derecede regresif/gerileyici. Böylece “güvenlik sağlanmalı ve devlete bunu sağlayacağı araçlar verilmeli” demiş oluyoruz. İşte o kadar.

Güncel durumu daha da cesaret kırıcı kılan 13 Kasım’da işlenen suçların, başka trajediler içeren ve IŞİD’in yaptığı katliamların zıddına bambaşka tehditlere bambaşka cevaplar bulmamızı gerektiren başka bir milada birkaç gün kala gerçekleşmiş olması. Tabii ki Dünya İklim Değişimi Konferansı COP21’den bahsediyorum. Aşırı silahlanmış ipi çürüklerin düzenlediği kan gölüne polisin verdiği tepkiye kıyasla korkarım bunu artık pek ciddi ve acil saymama eğilimindeyiz.

Okumaya devam et →

2 Yorum

Filed under Çeviri, Bilim